圖片來(lái)源：安諾優(yōu)達(dá)
4月23日，中國(guó)臨床腫瘤學(xué)會(huì)（CSCO）和中國(guó)腫瘤驅(qū)動(dòng)基因分析聯(lián)盟（CAGC）聯(lián)合發(fā)布了《二代測(cè)序（NGS）技術(shù)應(yīng)用于臨床腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)診斷的共識(shí)》（下稱(chēng)共識(shí)），旨在為二代測(cè)序技術(shù)應(yīng)用于臨床腫瘤驅(qū)動(dòng)基因分析提供相關(guān)指導(dǎo)性建議，并規(guī)范臨床實(shí)踐。作為我國(guó)首個(gè)關(guān)于二代測(cè)序臨床腫瘤診治的共識(shí)，一經(jīng)發(fā)布便引起了業(yè)內(nèi)的高度關(guān)注，它的推出將對(duì)二代測(cè)序技術(shù)的規(guī)范化應(yīng)用有很大的促進(jìn)作用。
《共識(shí)》由癌癥遺傳學(xué)家、臨床腫瘤專(zhuān)家、生物信息學(xué)專(zhuān)家、病理學(xué)家等專(zhuān)家起草，主要針對(duì)臨床醫(yī)生、臨床醫(yī)院內(nèi)部的檢驗(yàn)部門(mén)以及第三方檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)。內(nèi)容涵蓋了二代測(cè)序技術(shù)質(zhì)量需求、臨床腫瘤相關(guān)NGS檢測(cè)內(nèi)容、樣本處理、測(cè)序流程、數(shù)據(jù)管理、信息學(xué)分析、結(jié)果報(bào)告解釋和咨詢(xún)以及知情同意書(shū)、NGS用于研究與診斷的區(qū)別、CAGC POI項(xiàng)目NGS測(cè)試的監(jiān)管等9方面的內(nèi)容。《共識(shí)》詳細(xì)內(nèi)容將在CSCO官方網(wǎng)站上公開(kāi)。
中國(guó)首部《二代測(cè)序（NGS）技術(shù)應(yīng)用于臨床腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)診斷的共識(shí)》與歐盟的《NGS診斷指南》
2015年歐盟率先出臺(tái)《NGS診斷指南》。該指南從目前發(fā)展水平、診斷/臨床的效用、知情同意書(shū)及對(duì)患者和醫(yī)生的通知、驗(yàn)證、報(bào)告、研究與診斷之間的區(qū)別六個(gè)方向做了38個(gè)聲明，并發(fā)表于Nature子刊上。那么歐盟的《NGS診斷指南》與我國(guó)的首部《共識(shí)》有何共同之處？筆者根據(jù)新華網(wǎng)的報(bào)道，將兩者共同關(guān)注的焦點(diǎn)進(jìn)行了歸類(lèi)。
由于技術(shù)發(fā)展迅猛導(dǎo)致了NGS平臺(tái)出現(xiàn)不穩(wěn)定的現(xiàn)狀。然而，這不能作為阻止NGS應(yīng)用于診斷領(lǐng)域的理由，因?yàn)閺哪撤N程度上說(shuō)，NGS確實(shí)能給患者帶來(lái)了潛在的利益。中國(guó)的首部《共識(shí)》與歐盟出臺(tái)的《NGS診斷指南》均強(qiáng)調(diào)了NGS技術(shù)的應(yīng)用現(xiàn)狀。
上海南方基因組中心王升躍教授對(duì)NGS技術(shù)要求進(jìn)行了說(shuō)明，強(qiáng)調(diào)了檢測(cè)需在通過(guò)審核驗(yàn)收的臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行，且各檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室應(yīng)參加“NGS相關(guān)的室間質(zhì)量評(píng)估項(xiàng)目”來(lái)提供和保證檢測(cè)的能力和質(zhì)量。
歐盟的《NGS診斷指南》強(qiáng)調(diào)未根據(jù)最新指南要求進(jìn)行可接受性驗(yàn)證測(cè)試，NGS不應(yīng)進(jìn)入臨床實(shí)踐中；實(shí)驗(yàn)室必須確定即將進(jìn)行的測(cè)試是用于排除診斷還是證實(shí)診斷。
檢測(cè)內(nèi)容是NGS診斷首先要明確的要點(diǎn)?！豆沧R(shí)》中對(duì)臨床腫瘤相關(guān)的NGS檢測(cè)內(nèi)容進(jìn)行了規(guī)定。歐盟的《NGS診斷指南》強(qiáng)調(diào)，實(shí)驗(yàn)室提供的每個(gè)NGS檢測(cè)應(yīng)明確以下幾點(diǎn)，包括明確目標(biāo)疾病，明確所檢測(cè)的基因名稱(chēng)，明確可報(bào)告范圍，明確分析敏感度和特異性，如果可以，還應(yīng)明確與臨床表型無(wú)關(guān)但與所檢測(cè)的基因相關(guān)的疾病。
樣本的質(zhì)量與許多參數(shù)有關(guān)，包括數(shù)據(jù)的產(chǎn)量、PCR拷貝和覆蓋的比例等。北京協(xié)和醫(yī)院梁智勇教授提出NGS檢測(cè)樣本處理均應(yīng)有明確的SOP指導(dǎo)，組織DNA和血漿DNA樣本均應(yīng)進(jìn)行檢測(cè)前的質(zhì)量控制分析。樣本的處理也是本次《共識(shí)》強(qiáng)調(diào)的主要內(nèi)容之一。
歐盟的《NGS診斷指南》指出，由于NGS工作流程非常復(fù)雜，因此應(yīng)建立樣本的追蹤方法，包括在實(shí)驗(yàn)室和計(jì)算分析中實(shí)施并聯(lián)法；在評(píng)估分析處理中包括平臺(tái)驗(yàn)證過(guò)程應(yīng)建立樣本追蹤方法和設(shè)置樣本識(shí)別條形碼。
信息學(xué)分析是試驗(yàn)數(shù)據(jù)走向臨床應(yīng)用的關(guān)鍵步驟之一，《共識(shí)》對(duì)NGS數(shù)據(jù)的產(chǎn)生、管理和生物信息學(xué)方面提出了建議。然而，具體建議需等CSCO官方網(wǎng)站詳細(xì)公布。
歐盟《NGS診斷指南》指出，顯然每種測(cè)序技術(shù)都存在著優(yōu)缺點(diǎn)，生物信息學(xué)工具必須能反映這些特征；生物信息學(xué)流程必須針對(duì)所使用的技術(shù)平臺(tái)；任何化學(xué)成分的改變、濃縮方法或生物信息學(xué)分析平臺(tái)應(yīng)該保證后續(xù)的有效性；診斷實(shí)驗(yàn)室必須驗(yàn)證所有的生物信息學(xué)流程（公用工具或商業(yè)軟件包）的標(biāo)準(zhǔn)信息設(shè)置，以確保相關(guān)數(shù)據(jù)更改后（新版本）及時(shí)跟進(jìn)；診斷實(shí)驗(yàn)室應(yīng)使用當(dāng)前注釋相關(guān)變異體的結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)庫(kù)。
NGS檢測(cè)結(jié)果報(bào)告的清晰性和一致性至關(guān)重要，因?yàn)閷?shí)驗(yàn)室的報(bào)告不僅給專(zhuān)家閱讀，還可能給非專(zhuān)家閱讀?！豆沧R(shí)》同時(shí)配發(fā)《NGS檢測(cè)報(bào)告格式化模板》用以指導(dǎo)檢測(cè)結(jié)果的臨床報(bào)告，目的是確保檢測(cè)方以標(biāo)準(zhǔn)化、全面充分但又簡(jiǎn)明易懂的方式為臨床醫(yī)生提供信息，協(xié)助其用于患者的靶向治療方案的決策。
歐盟《NGS診斷指南》對(duì)檢測(cè)結(jié)果報(bào)告做了相關(guān)聲明。NGS的分析報(bào)告應(yīng)對(duì)患者的鑒別診斷進(jìn)行總結(jié)，簡(jiǎn)要描述測(cè)試，總結(jié)結(jié)果，將主要結(jié)果放于報(bào)告首頁(yè)。所有致病（5類(lèi)）或可能致?。?類(lèi)）的變異必須包含在報(bào)告中，由當(dāng)?shù)卣邲Q定是否報(bào)告未分類(lèi)的變異（UVs-3類(lèi)），且實(shí)驗(yàn)室科學(xué)家及臨床醫(yī)生必須清楚UVs-3類(lèi)變異；需發(fā)起收集和分享可用信息的群體活動(dòng)，最終目的是將變異體絕對(duì)分類(lèi)為致病性（5類(lèi)）或良性（1類(lèi)）；被實(shí)驗(yàn)室或研究所采納的與直接結(jié)果和二次結(jié)果相關(guān)的政策必須體現(xiàn)在實(shí)驗(yàn)室的實(shí)踐和報(bào)告中。
隨著全基因組測(cè)序在研究和診斷領(lǐng)域的應(yīng)用增加，兩者之間的界線(xiàn)也越來(lái)越模糊，因此有必要描述兩者之間的區(qū)別?！豆沧R(shí)》特別使用單獨(dú)章節(jié)明確區(qū)分了診斷目的和研究目的的NGS檢測(cè)?！豆沧R(shí)》定義，前者是為了回答患者腫瘤是否存在特定的基因變異狀態(tài)，以協(xié)助臨床及藥物治療決策，這種檢驗(yàn)需要在得到認(rèn)證的實(shí)驗(yàn)室開(kāi)展；而后者是針對(duì)某種“研究假設(shè)”開(kāi)展的檢測(cè)，結(jié)果通常不具有明確的臨床意義，因此需要在進(jìn)一步診斷條件下確證才能納入患者的醫(yī)療記錄。且兩者均需建立數(shù)據(jù)庫(kù)。
歐盟《NGS診斷指南》在談及NGS診斷目的和研究目的的區(qū)別時(shí)指出任何診斷測(cè)試都是為了回答與患者醫(yī)療條件相關(guān)的臨床問(wèn)題；研究測(cè)試是一種驅(qū)動(dòng)假設(shè)，結(jié)果可能僅限于參與研究的患者的臨床效應(yīng)；通過(guò)分析外顯子或基因組得出的診斷測(cè)試結(jié)果可假設(shè)生成；當(dāng)以單一患者的診斷為的目的診斷檢測(cè)應(yīng)在獲認(rèn)可的實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行，研究結(jié)果必須在通過(guò)認(rèn)證的實(shí)驗(yàn)室確定后方可轉(zhuǎn)移至患者身上；所有來(lái)自健康個(gè)體的診斷測(cè)試或研究測(cè)試的變異頻率都應(yīng)共享；所有的變異報(bào)告應(yīng)提交供聯(lián)盟、地區(qū)、國(guó)家或國(guó)際數(shù)據(jù)庫(kù)共享。
知情同意書(shū)是NGS檢測(cè)必不可少的環(huán)節(jié)?！豆沧R(shí)》要求，患者在接受檢驗(yàn)前需知情同意、獲得相關(guān)遺傳學(xué)咨詢(xún)，以確?；颊咧獣曰驒z測(cè)的目的、利弊以及測(cè)試的局限性。
歐盟的《NGS診斷指南》規(guī)定在執(zhí)行NGS診斷檢測(cè)之前，臨床（遺傳）中心需要建立一個(gè)“直觀(guān)結(jié)果和二次結(jié)果的協(xié)議”，該協(xié)議必須與倫理委員會(huì)的意見(jiàn)相符，應(yīng)明確——在實(shí)驗(yàn)室、研究所或國(guó)家層面上——除了最初的診斷結(jié)果，患者對(duì)檢測(cè)出來(lái)的額外結(jié)果的告知是否有選擇決定權(quán)，還應(yīng)詳細(xì)說(shuō)明檢測(cè)直觀(guān)結(jié)果與疾病攜帶狀況是否出現(xiàn)在檢測(cè)報(bào)告中。實(shí)驗(yàn)室必須確保能妥善管理協(xié)議中的每一條選項(xiàng)；關(guān)于與目標(biāo)疾病無(wú)關(guān)的其他疾病攜帶狀態(tài)和二次結(jié)果是否被告知的選項(xiàng)協(xié)議，如果臨床中心或?qū)嶒?yàn)室決定為患者提供，那么該協(xié)議應(yīng)該包含所有的邏輯性；應(yīng)讓患者清楚當(dāng)?shù)貙?duì)直觀(guān)結(jié)果與二次結(jié)果的管理政策；建議給患者提供一份書(shū)面說(shuō)明書(shū)或在線(xiàn)可用信息說(shuō)明。
相關(guān)閱讀：
