實際上與癌癥有關(guān)的基因并沒有研究中表現(xiàn)的多
在我們發(fā)現(xiàn)的基因中，有這樣一些“可疑基因”：它們產(chǎn)生的突變似乎與腫瘤有關(guān)，但是研究人員查遍整個癌癥基因組數(shù)據(jù)卻對它們無法解釋。例如，為什么參與嗅覺的基因產(chǎn)生的突變與肺癌有關(guān)？
發(fā)布在自然網(wǎng)站上的一項對癌癥基因組數(shù)據(jù)的研究通過分析突變速率在基因組中的不同位置怎樣變化，終于剔除了這些以及其他原本以為和癌癥有關(guān)的可疑基因。結(jié)果是驚人的：在一項分析中，研究人員使用改進后的模型將可能與肺癌有關(guān)的基因數(shù)量由450個減少到11個。這項研究可以幫助科學(xué)家把精力放在重要基因上，從而防止他們調(diào)查無用的基因而浪費時間。
“這將影響到未來的癌癥基因組計劃。” 研究的主要作者Gad Getz說，Getz是劍橋Broad研究所的計算生物學(xué)家。這項以癌癥為主的重要測序計劃已經(jīng)將他們的新模型納入管線，Getz指出，以前的分析——其中許多已經(jīng)發(fā)表在高水平的期刊上——現(xiàn)在都在重做。
可疑的信息
所有細胞都會積累突變，但是癌細胞尤其明顯，并且其基因組錯誤百出。部分原因是由于癌細胞自身修復(fù)機制失活，癌細胞增長速度比正常組織快。大多數(shù)突變不會影響細胞的生命周期，因此，它們也可能不會參與癌癥。
為了確定哪些突變是癌癥的重要誘因，研究人員比較了許多腫瘤的基因組，從中查找與隨機發(fā)生相比，在癌組織中發(fā)生得更為頻繁的突變。
許多研究人員曾預(yù)計，隨著分析開始包括更多的腫瘤基因組，這項搜索將會變得更加精確，候選癌基因的列表將會變得更短。但是相反，列表變長了。為找出原因，Getz和他的同事尋找其他可能會增加突變率的因素。
研究團隊證實，在某些情況下，較高的突變率與癌癥無關(guān)，但造成了干擾因素。為了查明誤報，他們考慮到較少轉(zhuǎn)錄成RNA的基因更容易發(fā)生突變的事實——這是因為轉(zhuǎn)錄過程伴隨著DNA修復(fù)過程，而DNA修復(fù)過程能夠撤銷某些突變。轉(zhuǎn)錄RNA水平非常低的基因——正如前文所述的肺癌中的嗅覺基因——因此更可能被誤報。
研究小組還考慮了在DNA復(fù)制過程中不同的突變發(fā)生速率。在DNA復(fù)制過程發(fā)生后，被復(fù)制的基因更有可能被錯誤復(fù)制，因為當(dāng)構(gòu)建DNA的化學(xué)成分快耗盡時，構(gòu)建新DNA的酶變得容易出錯。
一旦這些和其他混雜因素納入分析，Getz團隊發(fā)現(xiàn)少得多的突變與癌癥有關(guān)。Getz認為新模型也可以用來篩查患有其他疾病的患者基因組數(shù)據(jù)。
對現(xiàn)有的分析方法進行“升級”是至關(guān)重要的，加拿大多倫多安大略癌癥研究所總裁Tom Hudson說。這對于那些尋找下一個藥物靶標必須篩選假定與癌癥有關(guān)的所有基因的研究人員來說尤其重要。“跟進這些基因需要大量的工作。” Hudson說，“能夠淘汰誤報顯然是非常重要的——對許多博士后來說也是如此。”
