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羅氏推出新的測序軟件包，改善長讀長測序性能
時(shí)間：2012-11-26 13:07:07 來源：三濟(jì)生物 點(diǎn)擊：
來自：藥家網(wǎng)
羅氏公司近日宣布推出一款新的軟件包（v2.8），能顯著改善其GS FLX+系統(tǒng)上長讀取鳥槍法測序的性能。這一測序平臺能帶來百萬個(gè)讀取，其讀長超過1000 bp。此次改進(jìn)將讓研究人員發(fā)現(xiàn)更多復(fù)雜的遺傳變異，并揭開隱藏在基因組、轉(zhuǎn)錄組和宏基因組樣品中難以測序的區(qū)域下的生物學(xué)秘密。
羅氏測序解決方案的總裁Thomas Schinecker表示：“此次最新的軟件發(fā)布代表了GS FLX+ 系統(tǒng)的長讀取性能在滿足客戶的預(yù)期上又向前邁進(jìn)了一大步。全世界30多個(gè)頂尖的測序?qū)嶒?yàn)室正在使用我們的新軟件，他們的反饋非常好。”
自GS FLX+系統(tǒng)上市以來，研究人員已經(jīng)證實(shí)了超長讀取的價(jià)值，能帶來更完整的全基因組de novo組裝，出色的全長轉(zhuǎn)錄組分析，以及更好的宏基因組樣品鑒定。新軟件將進(jìn)一步改善這些應(yīng)用的測序結(jié)果，并為454測序系統(tǒng)的生物信息學(xué)工具帶來新的功能改進(jìn)。
RIKEN Omics科學(xué)中心和橫濱市立大學(xué)KIHARA生物研究所的Hiroshi Tarui談道：“我們實(shí)驗(yàn)室利用最新的GS FLX+軟件體驗(yàn)了很棒的結(jié)果。所有測序指標(biāo)，包括讀長，都超出了我們的預(yù)期。我們正利用此平臺開展de novo轉(zhuǎn)錄組研究，而長讀取對cDNA轉(zhuǎn)錄本的全長組裝和剪接變體研究很關(guān)鍵。
德國馬普研究所測序核心實(shí)驗(yàn)室的主管Bernd Timmermann則表示：“我們的GS FLX+系統(tǒng)正廣泛用于不同煙草株的de novo測序項(xiàng)目，它實(shí)現(xiàn)了約820 bp的讀長，而一些運(yùn)行的產(chǎn)量也超過1 Gb。隨著升級到v2.8軟件，我們看到所有情況下的平均讀長均有所改善。在未來的de novo測序和宏基因組項(xiàng)目中，我們將繼續(xù)使用GS FLX+系統(tǒng)。”
羅氏還計(jì)劃推出針對GS FLX+系統(tǒng)上長擴(kuò)增子測序的長讀取改進(jìn)。這將改善定向測序和16S/18S rRNA宏基因組應(yīng)用的測序結(jié)果。
GS FLX+ system是羅氏旗下454生命科學(xué)推出的一款升級版測序儀，該儀器能夠產(chǎn)生高達(dá)1,000 bp的測序讀長，接近傳統(tǒng)的毛細(xì)管電泳測序法，使高通量測序技術(shù)達(dá)到了與Sanger測序相當(dāng)?shù)臏?zhǔn)確性和讀長。讀長的改善也使得測序通量提高到接近1Gb，從而降低了大型測序項(xiàng)目的測序成本。
今年，454測序儀參與了多個(gè)物種的基因組圖譜繪制，包括香蕉、西紅柿、靈芝、甜瓜、蝴蝶、倭黑猩猩等，它也協(xié)助研究人員對超級細(xì)菌的傳播途徑及其耐藥性突變的進(jìn)化進(jìn)行了追蹤。
羅氏公司近日宣布推出一款新的軟件包（v2.8），能顯著改善其GS FLX+系統(tǒng)上長讀取鳥槍法測序的性能。這一測序平臺能帶來百萬個(gè)讀取，其讀長超過1000 bp。此次改進(jìn)將讓研究人員發(fā)現(xiàn)更多復(fù)雜的遺傳變異，并揭開隱藏在基因組、轉(zhuǎn)錄組和宏基因組樣品中難以測序的區(qū)域下的生物學(xué)秘密。
羅氏測序解決方案的總裁Thomas Schinecker表示：“此次最新的軟件發(fā)布代表了GS FLX+ 系統(tǒng)的長讀取性能在滿足客戶的預(yù)期上又向前邁進(jìn)了一大步。全世界30多個(gè)頂尖的測序?qū)嶒?yàn)室正在使用我們的新軟件，他們的反饋非常好。”
自GS FLX+系統(tǒng)上市以來，研究人員已經(jīng)證實(shí)了超長讀取的價(jià)值，能帶來更完整的全基因組de novo組裝，出色的全長轉(zhuǎn)錄組分析，以及更好的宏基因組樣品鑒定。新軟件將進(jìn)一步改善這些應(yīng)用的測序結(jié)果，并為454測序系統(tǒng)的生物信息學(xué)工具帶來新的功能改進(jìn)。
RIKEN Omics科學(xué)中心和橫濱市立大學(xué)KIHARA生物研究所的Hiroshi Tarui談道：“我們實(shí)驗(yàn)室利用最新的GS FLX+軟件體驗(yàn)了很棒的結(jié)果。所有測序指標(biāo)，包括讀長，都超出了我們的預(yù)期。我們正利用此平臺開展de novo轉(zhuǎn)錄組研究，而長讀取對cDNA轉(zhuǎn)錄本的全長組裝和剪接變體研究很關(guān)鍵。
德國馬普研究所測序核心實(shí)驗(yàn)室的主管Bernd Timmermann則表示：“我們的GS FLX+系統(tǒng)正廣泛用于不同煙草株的de novo測序項(xiàng)目，它實(shí)現(xiàn)了約820 bp的讀長，而一些運(yùn)行的產(chǎn)量也超過1 Gb。隨著升級到v2.8軟件，我們看到所有情況下的平均讀長均有所改善。在未來的de novo測序和宏基因組項(xiàng)目中，我們將繼續(xù)使用GS FLX+系統(tǒng)。”
羅氏還計(jì)劃推出針對GS FLX+系統(tǒng)上長擴(kuò)增子測序的長讀取改進(jìn)。這將改善定向測序和16S/18S rRNA宏基因組應(yīng)用的測序結(jié)果。
GS FLX+ system是羅氏旗下454生命科學(xué)推出的一款升級版測序儀，該儀器能夠產(chǎn)生高達(dá)1,000 bp的測序讀長，接近傳統(tǒng)的毛細(xì)管電泳測序法，使高通量測序技術(shù)達(dá)到了與Sanger測序相當(dāng)?shù)臏?zhǔn)確性和讀長。讀長的改善也使得測序通量提高到接近1Gb，從而降低了大型測序項(xiàng)目的測序成本。
今年，454測序儀參與了多個(gè)物種的基因組圖譜繪制，包括香蕉、西紅柿、靈芝、甜瓜、蝴蝶、倭黑猩猩等，它也協(xié)助研究人員對超級細(xì)菌的傳播途徑及其耐藥性突變的進(jìn)化進(jìn)行了追蹤。
